동물학자인 어머니 엘레나 고고학자인 아버지콜과 함께
열대 우림을 모험하며 어린 시절을 보낸 도라는 이제 16살이 됐다
할머니와 사촌 디에고와 도시에서 살게 된 도라는 무질서한 학교에 입학하게 된다
어느 날 현장 학습으로 간 자연사 박물관에서 도라와 세 친구들은 의문의 도둑 무리에게 납치당한다
그들은 역사상 가장 진귀한 고고학적 발견물인 고대의 잃어버린 도시 파라파타와 도라의 부모님을 만나길 소망하는데
도라와 그의 원숭이 부츠 그리고 친구들은 수백년 전 잃어버린 도시의 비밀을 찾아 부모님을 구해낼 수 있을까